Çene eklemi rahatsızlıkları genelde kronik diş gıcırdatmasına bağlı oluşmasına rağmen; bazen de zorlu diş çekimi, trafik kazası, darbe, genel anestezi, yoğun stres gibi nedenlerle aniden de ortaya çıkabilmektedir. Eklemin karmaşık yapısı nedeniyle tedavisinin bu konuda uzman hekimlerden oluşan multidisipliner bir ekip tarafından yapılması gerekmektedir. Hastanın ağrı nedenlerinin ortaya konması ve tedavisinin gerçekleştirilebilmesi amacıyla protez uzmanı, kulak burun boğaz uzmanı ve fizik tedavi uzmanının tedavi sürecinde koordinasyon içerisinde çalışması oldukça önemlidir.
Hastalığın cerrahi olmayan tedavi seçenekleri arasında stres tedavisi, gece plağı uygulamaları, ilaç tedavisi, fizik tedavi gibi alternatifler bulunmasının yanı sıra; hastalığın nedenlerinin ortadan kaldırılmasında ortodontik tedavi ve protetik restorasyon gibi kalıcı tedaviler sayılabilir. Artosentez, artroskopi, botoks uygulaması ve bazı eklem operasyonları gibi cerrahi tedaviler de mevcuttur.